Περίπου δύο λεπτά αφότου εισήλθε στον αιγυπτιακό εναέριο χώρο (στις 03:29 τα ξημερώματα) χάθηκε το στίγμα του αεροσκάφους της Agyptair, δήλωσε ο διοικητής της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας Κωνσταντίνος Λιντζεράκος. Στις 03:26 ώρα Ελλάδος, ο ελληνικός πύργος ελέγχου κάλεσε τον πιλότο, ο οποίος δεν απάντησε. Οι ελληνικές Αρχές κινητοποίησαν τις δυνάμεις έρευνας και διάσωσης και επικοινώνησαν με την αιγυπτιακή πλευρά, η οποία αγνοούσε τα δεδομένα για το αεροσκάφος. Νωρίτερα, στην επικοινωνία που είχε ο πύργος ελέγχου στις 02:55 ενώ το αεροσκάφος βρισκόταν πάνω από τη νήσο Κέα, ο πιλότος δεν ανέφερε κανένα πρόβλημα και τήρησε όλες τις συντεταγμένες που του δόθηκαν μέχρι να βγει από τον εναέριο ελληνικό χώρο.
